蒙古至元元年(1264)设立，以国师八思巴领之。初名总制院，元至元二十五年(1288)尚书右丞相兼总制院使桑哥提议更名宣政院。以帝师统领宣政院事，从一品官衔，用三台银印。宣政院与中书省、枢密院、御史台并称元朝四大独立衙门。宣慰使都元帅至万户等各级官员，多由帝师或宣政院举荐的地方僧俗首领担任，由朝廷授职。元代设宣政院并将佛教与吐蕃事务结合起来加以管理，既说明元朝统治者对两者的高度重视，又表明政教合一的吐蕃地方在元代政治方略中的突出地位。
历任院使 宣政院院使由皇帝直接任命，其中绝大多数由蒙古王公贵族和朝廷要员担任。
职责 宣政院主要职责：
①军事征伐。防范吐蕃反叛是宣政院的重要职责，元中央王朝设立临时权力机关——宣政院，并委派高级官员坐镇指挥。对吐蕃的军事征讨，尤其大征伐则要与枢密院商议。宣政院对吐蕃地区的反叛除了军事征讨外，还采用安抚、宣慰等办法进行解决。
②举荐官员。吐蕃地区各机构中的高级官员的任命由宣政院或帝师举荐，皇帝授予金牌、银牌，并委任宣慰使司都元帅、元帅、招讨、安抚、达鲁花赤等。宣政院举荐的官员一般来自朵甘思和朵思麻地区，乌思藏地区高级官员的任命多由帝师举荐。
③管理驿站。吐蕃地区的驿站从朵思麻的丹斗起，到乌思藏纳里速，共设大站31个。由于吐蕃地区地广人稀，道路艰险，站与站之间距离长，为使驿传得以畅通，大臣、使者往来无阻，宣政院也负责管理驿站。
④管理释教。管理全国的释教事务是宣政院的重要职责。
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