清朝时期 自顺治元年(1644)清兵入关至1912年中华民国成立，清王朝对全国统治268年。
清朝取代明代后，通过制定一系列政策，使西藏在中国版图的最后确定，在建立一个统一的多民族国家等方面做出了贡献。西藏自身也在这200多年的安定中，发展了自己的经济文化，在西藏社会历史发展进程中走上了一个新台阶，从而奠定了西藏在中国历史上的地位。清朝时期，西藏与内地的交往更加紧密，大批藏僧进京城学习、供职、主持寺庙法事等，把藏族的传统文化与宗教带入中原。同时内地的大臣、军队驻扎西藏，汉族商人入藏贸易等都为藏汉经济、文化交流创造了有利的条件。
西藏与中央的隶属关系 清初，西藏处于蒙古和硕特部的军事控制之下。15世纪在蒙古军支持下，格鲁派在西藏各教派中取得绝对优势。清政府从当时西藏实际出发，一方面敕封和硕特蒙古领袖固始汗为“遵行文义敏慧固始汗”，让其以汗王身份代表清朝中央管理西藏地方；另一方面则给予格鲁派领袖以崇高的荣誉，先后敕封五世达赖为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，敕封五世班禅为“班禅额尔德尼”，从此确定了“达赖”、“班禅”两系传承的名号和他们的宗教地位。至此，在清朝中央政府的支持下，西藏地方开始了以第巴地方政权为形式的蒙藏僧俗封建主的联合统治。
由于清朝中央的支持和固始汗的尊崇，以达赖为代表的格鲁派寺院集团发展更加迅速，势力愈来愈大。康熙十八年(1679)，五世达赖喇嘛直接委任桑结嘉措为第五任第巴，管理西藏政务。此举限制和削弱了蒙古和硕特汗王在西藏的权力。蒙藏统治集团之间矛盾日趋尖锐。四十年固始汗曾孙拉藏汗继承汗位后，蒙藏上层统治集团之间的纷争，引起清朝中央对西藏地方的密切关注。四十四年，拉藏汗被清朝封为“翊法恭顺汗”。四十八年清廷认为“西藏事务不便令拉藏汗独理”，遣侍郎赫寿赴藏“协同拉藏汗办理事务”，这是清朝中央直接管理西藏事务的开端。
五十六年准噶尔部首领攻打西藏，汗王拉藏汗被杀，清朝派兵驱逐了准噶尔军队。从此，结束了蒙古和硕特部在西藏的统治，安定了西藏的社会秩序。此后，清朝中央逐步加强了对西藏地方的管理。六十年，清王朝废除了西藏的第巴职位。
雍正五年(1727)，清王朝为了对西藏进行有效的统治，在西藏正式设立驻藏大臣办事衙署，派遣办事大臣和帮办大臣常驻拉萨，督办西藏事务。1709～1911年，清王朝共派遣驻藏大臣182任。驻藏大臣的设置是清王朝治理西藏的重大措施，是过去历代王朝所没有的举措。
乾隆十六年(1751)，清王朝建立噶厦，规定了驻藏大臣和达赖喇嘛共同掌握西藏事务的体制。噶厦内设噶伦四名，三俗一僧，地位平等，秉承驻藏大臣和达赖指示，共同处理藏政。从此，由藏传佛教格鲁派建立的政教合一制度正式确立。二十二年，七世达赖圆寂，清廷委派第穆呼图克图摄理西藏政教事务。从此，确定了西藏地方政府的摄政制度。
五十六年，西藏发生廓尔喀入侵事件，清廷立即征调大军进藏，将入侵的廓尔喀军队全部逐出境。五十八年，颁布了《钦定藏内善后章程》二十九条，对西藏地方政府的组织、政治、财政、金融、军事、外交以及宗教等各方面的制度作了明确规定，使清代中央政府在西藏地方的施政更加完备和具体。
行政区划 清朝沿用明朝旧制，将西宁卫(后改为西宁府)、河州等地划归甘肃行省，将松潘及阿坝等地划归四川行省管辖。康熙三十九年(1700)，清朝派四川提督率兵进驻打箭炉，重修铁索桥，并招抚木雅、喇滚、瞻对等土司，将雅砻江以东的地区划归四川行省管辖。
雍正元年(1723)，清朝又将青海蒙古部落编为二十九旗，并将原属青海蒙古管辖的各个藏族部落收归清朝政府直接管理，清政府还在西宁设立青海办事大臣(后称西宁办事大臣)，负责管理青海蒙古各旗和藏族部落。至此，整个青藏高原纳入清政府的直接统治之下，清政府对藏族地区行政区划重新进行调整和划定。
六年，清政府进行了一次最大的行政区划变动，划分西藏和四川、云南的地界，分别将昌都、洛隆宗、桑昂曲宗等地划给西藏管理，将中甸、阿墩子(德钦)、维西划归云南管辖，巴塘、理塘、康定、德格等地仍归四川管辖。同年，四川、云南、西藏三方派员会勘地界，在金沙江以西的宁静山竖立界碑，规定了川藏、滇藏界线，以金沙江为基本划线，划出了云南、四川与西藏的地理分界。
九年，又划分驻藏大臣和青海办事大臣的管辖范围，将原属蒙古和硕特部管辖的藏北和黄河源以南的游牧部落七十九族分隶青海和西藏，其中四十族归青海(今青海省的玉树藏族自治州)、三十九族归西藏，即藏北霍尔三十九族。至此，四川、云南、青海藏族地区的行政区划基本确定。
经济交流 清政府为发展西藏地方经济，维护地方稳定，实施一系列改革措施，进一步密切中央与西藏地方的关系。这些措施虽然未改变西藏封建农奴制社会的性质，但在一定程度上削弱了封建农奴主阶级的特权，促进封建农奴制经济的变化，推动了西藏的社会发展。清廷促进藏汉经济交流的主要措施有：
①对西藏在经济上实行一定的优惠政策，免除西藏地方每年向中央王朝所应缴纳的赋税。清朝时期，西藏正处在一种政教合一统治下的封建农奴制的社会，其社会经济的发展具有很大的宗教和农奴制的特点，寺庙经济在整个西藏经济中占有重要的地位。清王朝在《钦定藏内善后章程》(二十九条)中明确规定：达赖、班禅的收入与开支由驻藏大臣进行审核，以更好地监督西藏地方经济财政状况。清王朝把西藏的财政大权掌握在自己手中，不仅有力地控制了西藏的地方经济，也加强了中央王朝对西藏地方的统治，为西藏地方经济发展提供了很好的条件。
②在西藏设立驿站及藏地实行乌拉制。在内地通往西藏的道路上设立驿站，成为清王朝在西藏重要的交通、运输、通讯中转站。而始于唐代、盛于明清的茶马古道成为西藏和中原地区之间进行政治、经济、文化交流的要道。
③建立地方正规货币。西藏历史上没有自己的货币，从16世纪中期开始，尼泊尔加德满都所造银币流入西藏。乾隆五十六年(1791)，清王朝开始在西藏铸造钱币，不但结束了长期以来外人造币的历史，同时也减少了大量白银的外流，对于西藏的货币自主、经济发展具有十分重要的意义。同时，对于藏地与内地的经贸交流，维护统一的多民族的国家十分有益。
④开放对外贸易。因西藏地处边疆，与邻国的贸易成为西藏社会经济生活中不可缺少的一部分。五十九年，清朝政府批准西藏地方在国家管制前提下实行对外开放贸易。清朝统一管理下的开放对外贸易，解决了西藏人民生活和生产的部分需求，也增加了西藏地方的财政收入。清朝政府还把课税收入的一大部分用来供大昭寺等寺庙作念经之费用，这样既可减少中央政府对西藏地方的财政补贴，又在客观上减轻了西藏人民对寺庙的经济负担。
文化交流 清朝政府保护和利用西藏地方传统的佛教文化，制定扶持西藏地方文化的政策措施，在促进西藏社会进步和文化发展、发展全国各民族和西藏人民的友好关系、促进藏汉文化交流、维护国家统一等方面起到积极的作用。
①清朝在理藩院设“典属清吏司”和“怀远清吏司”，掌管蒙藏地区的活佛转世名号和各地喇嘛进贡事宜。清朝入主中原后，继续推崇和利用藏传佛教的政策，顺治十年(1653)，册封五世达赖喇嘛，赐金册金印，并花费巨资设计建造了具有汉藏两种建筑风格的黄寺，对藏传佛教和藏族文化在内地的弘扬和传播起到积极的作用。
②清朝政府十分重视藏传佛教经典的编译工作。康熙年间曾组织大量人力对勘汉藏大藏经，并命二世章嘉活佛等人在元明两代蒙译佛经的基础上，将藏文大藏经《甘珠尔》部分译成蒙古文。乾隆帝即位后，又命章嘉活佛将《丹珠尔》译成蒙古文。在完成这些准备工作后，即开始工程浩大的《丹珠尔》蒙古文翻译。于乾隆七年全部完成《丹珠尔》蒙译工作。此后，又将《甘珠尔》及部分藏文论疏译成满文。
③发展西藏文化教育。在西藏，驻藏大臣陆续制订了许多发展西藏文化教育和促进汉藏文化交流融合的措施。如清朝末年，张荫棠和联豫在筹办西藏新政中，十分重视采取革新措施开发民智，一是广兴教育，开办学校；二是培养西藏政治、经济和文化改革与发展所需之人才；三是消除藏汉隔膜，鼓励更多藏人学习汉语文，兴办汉文学校，增进汉藏民族的沟通和团结，先后兴办了包括藏文传习所、汉文传习所、蒙养院、西藏初级小学堂、陆军小学堂等在内的新式学校22所，开设了译书局，创办藏文报。
④儒家思想进一步流传于西藏。在推行新政中，驻藏大臣张荫棠在西藏颁发《训俗浅言》和《藏俗改良》两本宣传儒教思想文化和维新思想的小册子，联豫印发了藏文版《圣谕广训》。这些措施，使作为中国传统文化支柱和核心的儒教思想进一步流传于西藏。
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