政教合一制度 元朝西藏萨迦地方政权到民主改革前政权和教权合一的政治制度。
基本特点是地方首领和宗教领袖同为一人，政权和教权由一人执掌。1959年3月，中央人民政府解散西藏地方政府，在西藏进行民主改革，推翻了农奴主阶级的统治，废除了上层僧侣和贵族专政的封建农奴制度，彻底结束了西藏政教合一制。
形成 由于藏族地区特殊自然环境和社会生产力低下的缘故，藏传佛教的教义深入人心，成为藏族人民精神生活的第一需要，藏族基本上成为一个全民信教的民族。同时，藏传佛教与地方政权形成分庭抗衡之势，为达到某种调和，僧侣参政、议政便成为封建农奴制下藏族社会的必然趋势。
9世纪初时，吐蕃僧人出任大臣，参与政治，成为西藏政教合一的雏形。9世纪中叶，吐蕃王朝四分五裂。10世纪初至13世纪，处于分裂中的藏族社会逐步完成了由奴隶制向封建制的过渡，少数吐蕃王朝时期的奴隶主贵族残余凭借雄厚的经济实力，逐渐变成割据一方的封建势力。
西藏地区确立封建农奴制的过程也是佛教在西藏再度兴起，并与世俗封建势力日益紧密结合的过程。11、12世纪，藏传佛教在自身的发展过程中，形成了宁玛派、噶当派、噶举派、萨迦派和格鲁派等教派，这些派系分别与一定的封建割据势力结合在一起，以僧俗一体、政教不分的形式出现在社会上。
由佛教的上层人物充当西藏地方的政教之主的政教合一制度，从萨迦派首领八思巴掌管西藏地方政权后正式开始。蒙古中统元年(1260)，元世祖忽必烈封八思巴为国师，并负责管辖卫藏十三万户。萨迦派的佛教上层人物为巩固和发展自己的势力范围，需要以元朝的政治力量作自己的靠山，而元朝为巩固对西藏地方的政治统治，也需要利用当时西藏社会最有声望的萨迦派上层人物。正是在双方利益一致的情况下，萨迦派的八思巴才成为西藏政教两方面的首领。从此，在中央政权管辖下，西藏地区形成了政教合一的地方行政管理体制。
确立 元末明初，由元朝扶持起来的藏传佛教萨迦教派的势力逐渐衰落，明朝统治者根据当时西藏地方教派林立的特点，对具有地方实力的诸教派首领都赐加封号。明朝先后册封三大法王和五王，五王都是领有分地的政教首领。除法王和五王之外，明朝还封有西天佛子、大国师、国师、禅师、大喇嘛等各种僧官名号。明王朝所封诸王，都兼有大国师之名号，是政教合一制度的具体体现。
明朝对西藏的统治基本沿袭元代的制度。明代，西藏宗教势力与地方势力紧密结合，各教派之间相互争权夺势，先后有帕竹地方政权、仁蚌巴家族、藏巴汗政权统治西藏。在明代，虽然西藏地方势力明争暗斗，但西藏与内地各族人民之间的经济、文化交流日益频繁，汉、藏两族人民的贸易日趋繁荣，西藏地方政府与明朝中央政府的关系不断加强。
崇祯十四年(1641)，格鲁派在西藏受到藏巴汗等人迫害，五世达赖喇嘛与四世班禅请蒙古固始汗率兵入藏，推翻了藏巴汗政权，建立了格鲁派政权。顺治年间，五世达赖喇嘛受封的同时，固始汗也得到清廷的封号。清王朝不仅确立了达赖喇嘛在西藏的领袖地位，同时也承认了固始汗的西藏地方政权。
康熙八年(1669)，固始汗之子达延汗及当时的第巴洛桑坚巴先后去世，在无人任命新第巴的情况下，五世达赖喇嘛第一次行使任命新第巴的权力。康熙十年(1671)达延汗之子达赖汗即位后，只能承认这一既定事实。从此，蒙古汗在藏任命最高行政长官第巴的权力开始归达赖喇嘛所有。
康熙十三年(1674)，五世达赖又任命桑结嘉措为新第巴，进一步巩固了自己任命第巴的权力。桑结嘉措上任后，主持修缮和扩建布达拉宫，使布达拉宫成为西藏的政治中心和宗教中心。
1718、1720年，清朝出兵西藏驱逐准噶尔部，结束了蒙古和硕特部在西藏的统治。清政府派遣驻藏大臣，与达赖、班禅一起管理西藏。乾隆五十八年(1793)，清廷正式颁布《钦定藏内善后章程》，并译为藏文，颁于西藏地方政府。章程在明确驻藏大臣与达赖、班禅权力平等的基础上，比较完备地规定了一套政教合一的管理办法，并且成为后来清王朝治理西藏的一个模式，这意味着中央正式承认并最终在统治制度上确立了西藏的政教合一制。《钦定章程》使清王朝治理西藏走上正轨，也成为西藏政教合一体制最后确立的标志。
民国期间，达赖喇嘛、班禅额尔德尼继续接受中央政府册封。1940年十四世达赖喇嘛丹增嘉措坐床和1949年十世班禅额尔德尼·确吉坚赞坐床，均循旧制由民国政府审批，并派人亲往主持典礼，以获得在西藏地方的政治、宗教上的合法地位。
1959年西藏正式废除封建农奴制，进入社会主义时期，从此彻底结束了西藏政教合一制。
组织机构 在西藏政教合一体制中，噶厦必须秉承达赖喇嘛的指示处理西藏政务。西藏地方政府组织机构及官吏设置包括三个方面：
①政权系统。即噶厦，由达赖和驻藏大臣直接领导，设有噶伦4人，由3俗1僧组成，统一领导西藏政务。噶厦内有两大重要职能部门译仓和孜康。译仓设有4位僧官秘书长，其中首席秘书长大喇嘛为三品官，其余三位均系四品官，另有若干僧官管理寺庙教务和僧官的任命培训等，直接受达赖指挥。孜康设有4位孜本，均系四品俗官，全面管理财政和审计事务。
②达赖内侍系统。接受达赖命令，审批文稿、管理宗教事务和照料达赖的日常生活。设有基巧堪布一名，下有达赖侍从室。设卓尼清波一人，负责传达达赖的命令；侍卫长一人和侍卫若干人，负责达赖日常警卫；孜本及孜究若干人，负责管理达赖个人财产和放债等；苏本堪布一人，负责达赖的伙食；森本堪布一人，负责达赖的卧室卧具；曲布堪布一人，负责达赖的日常宗教活动。
③达赖的学经系统和格鲁派宗教事务系统。在甘丹寺设有甘丹赤巴一人，为格鲁派宗教地位最高的喇嘛。此外，达赖通过基巧堪布和译仓，直接管理呼图克图、三大寺、上下密院和各教派寺院的重大事务。
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