出生于卫藏交界处喀热琼尊地方一个佛学译师家庭。8岁在觉囊寺出家为僧，受沙弥戒，取法名贡噶宁波。21岁取名多罗那他，意为“梵语保护神”。29岁受比丘戒。万历三十六年(1608)，多罗那他根据印度僧人口述资料撰写《印度佛教史》，全书分44章，约10余万言，以讲述印度佛教晚期历史而闻名于世。因印度缺乏有关历史文献记载，该书成为研究印度佛教历史的重要资料，影响广泛，有汉文和外文译本。
四十二年(1614)，在后藏地方首领藏巴汗父子支持下，在拉孜县建成达丹彭措林，聚众授徒，弘传觉囊派教法。同年，应蒙古喀尔喀部之邀，前往蒙古传教弘法，四世达赖赐以“大慈迈达里呼图克图”名号。多罗那他在蒙古以库伦(今乌兰巴托)为中心传教20余年，兴建佛教寺院，受到蒙古各部王公及民众信奉和供养，被尊为哲布尊丹巴，藏语意为“尊贵的圣人”。清康熙三十三年(1694)第一世哲布尊丹巴被清廷册封为“呼图克图大喇嘛”，成为外蒙古地区佛教首领。著有很多宗教、历史、文学著作，包括《时轮源流》、《娘地教法源流》(又译《后藏志》)和《多罗那他道歌集》等。
阿旺洛珠扎巴之《多罗那他传略》
当尊者一岁能说话时，便一再说自己是喇嘛更噶周却的转世，并能清楚地说出自己前世的施主、僧院等，大家听后都感到非常惊奇。尊者小时候便能亲睹许多净相，讲说适合各种有情根基情况的教法，于三宝之信心及对众生的慈悲菩提之心自然生起。特别是对于本尊护法的现观、根本咒语、朵玛仪轨等都能如法修持。在尊者四岁的时候，被认定为转世灵童。
八岁时，经过师徒商议，请来达隆巴钦波更噶坚赞前来授与出家戒，取名为“贡噶布扎西坚赞”。净相中变化的善知识印度学者杂拉那塔赐名为“多罗那他”（意为“救度怙主”）。以后他依止克却强巴伦珠闻习显密经论，从多仁贡噶坚赞闻习以道果为主的灌顶教诫，从扎堆却古拉旺扎巴闻习以那若六法、大手印为主的一切无量口诀，从杰仲更噶巴桑学习时轮和怙主教诫，被委任为觉囊（派）寺住持。堪布隆热嘉措给地传授了时轮灌顶、《时轮续》、《注释续》、《口诀》、六支瑜伽的加持义传承，他深领诸义，证悟究竟。跟从印度大成就师格茹洛学巴桑杰贝巴贡波闻习了密乘续部生圆二次第全部灌顶，讲授了以前西藏没有的五百余部密乘无上瑜伽部中的发菩提心方面的教法，这样具有代表性的事迹还有很多。
另外，他前后向印度数名瑜伽师求授甚深法和内外明处、声明学等，熟习一切密意。到将近二十岁时，由持律师贡噶坚赞为堪布，强巴伦珠为阿奢黎（轨范师），杰仲更噶巴桑等为碣磨师和补缺师提前给他授了比丘戒，成为外如声闻乘，内如佛子菩提心的大持密咒师。前后请求了这些上师传授各种教法。
在尊者二十一岁时，成为觉囊寺堪布。以后，多罗那他大师逐渐广做利益佛法和众生的事。成熟和解脱了无边有情。多罗那他著作众多，包括《佛百业》、《印度佛教史》以及各大班智达传记多部。显教经典注释方面有《般若波罗蜜多心经释》、《普贤经释》等，大乘中观他空见与教派方面多部，《时轮》、《胜乐》、《集密》、《大威德》等密乘续部仪轨著作多部；《时轮》、《胜乐》、《集密》生圆二次第法注释等密乘经典注释方面多部，以及《佛陀赞》、《资粮》、《祈愿》等总共十四包，收成全集。
当多罗那他尊者完成利益教法和众生的大业后，于阴水猪年（明崇祯八年，1635年）四月二十八日为利益他界众生而逝往药师佛土，享年六十一岁。达丹丹曲林寺和各修行院的弟子们以及各们敬仰大师的首领广献供养，为他举行盛大的超荐。他的继承事业的无数弟子中有执掌觉囊派的桑杰嘉措活佛、克旺益希嘉措、堪钦仁钦嘉措、克珠洛哲南杰、岗波活佛、曲杰阿旺巴、曲吾穷哇活佛、大师的堪布贡噶扎西坚赞、阿格旺波活佛、哲布活佛、夏仲上师仲、曲杰仁顶巴、时轮夏尔钦巴、曲杰拉欧巴、比丘宁波塔耶、强巴云丹贡波、阿旺更噶索南、更噶成勒旺姆、后藏王子贡噶丹贝坚赞等，除了这些弟子，上下一切弟子都主持自宗。佛教施主藏巴第悉彭措南杰父子、绛达扎西道吉、羊卓丹增弥居旺格嘉波（羊卓达垅万户的万户长。羊卓达垅，即今西藏浪卡子县）等许多有无限权势的人也对他礼敬供奉。
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