措钦大殿 宗教事务管理中心，也是寺内最大的殿堂，位于色拉寺东北部。清康熙四十九年(1710)，由拉藏汗资助建造。高四层，由殿前广场、大经堂和5个佛殿组成。殿前有一广场，面积约2000平方米，遍铺片石。①经堂。门向南，门外为双排10柱的前廊，廊壁彩绘四大天王。经堂面积近2000平方米。中央以长柱升起天井，用以采光。殿堂原主供色拉寺创始人释迦也失塑像。七世达赖圆寂后，又制作一尊5米高的强巴佛鎏金铜像供于东侧，还有宗喀巴师徒三尊、格如坚赞桑布、多杰朗觉等格鲁派高僧塑像和1座圣尊塔。②佛殿。位于经堂后，共3座。强巴殿居中，主供措钦大殿主尊强巴佛，高约6米，两侧彩塑八菩萨立像和两忿怒神像，南墙经架上珍藏有永乐版大藏经，这是中国第一次木刻印刷的经书，是明成祖亲自馈赠的传世之宝。罗汉殿位于西侧，主供释迦牟尼像，两侧为十六罗汉和四大天王塑像，均为泥塑彩绘。每座罗汉体内有释迦也失从中国内地带来的木雕罗汉一尊。塑像基本保留明代造像风格。大威德金刚神殿位于东侧，主供11面金刚牛头塑像，此外还有依怙神、白拉姆(吉祥天女)、朗色多闻天王等护法神像。殿两侧置经架经书。大殿二层两侧是僧舍，后部正中为强巴面容佛殿，强巴塑像两侧还供有格如坚赞桑布灵塔，杰尊曲吉坚赞灵塔和1座尊圣塔。佛殿的两侧是慈悲殿，主供千手千眼观音，以及度母、六臂金刚等铜像。第三、四层为措钦堪布和赤巴的居室、经堂和喇吉办公的场所及达赖喇嘛来寺讲经时的居室。
吉扎仓 色拉寺扎仓中规模最大的扎仓。明宣德十年(1435)，由后藏贡久洛真·仁钦森格创建。18世纪初，扎仓堪布娘东自觉伦珠进行了扩建。扎仓高四层，面积1700平方米，底层由经堂及5个佛殿组成。护法神殿供奉的马头金刚(丹珍)非常驰名。①经堂。共100柱，其内遍挂唐卡、伞盖及帏幔，四周墙壁绘释迦传记和各种护法神像，北部供有多座灵塔和造像，从东向西依次为二降神银塔、格西德钦希巴兰布灵塔、该扎仓堪布赤钦洛桑扎西灵塔、第一代热振活佛灵塔、第一代扎底曲桑活佛灵塔、第二代热振活佛灵塔。灵塔之间还供奉有八世达赖、十三世达赖、第二代和第九代热振活佛以及该扎仓的部分著名高僧、活佛的造像。②佛殿。位于经堂西北部，包括三世佛殿、马头金刚殿、强巴佛殿、宗喀巴殿、妙音殿等。三世佛殿位于经堂西侧，供奉过去、现在、未来三世佛和八菩萨像。马头金刚殿(达真拉康)供奉该扎仓创建人贡久洛真亲塑的马头金刚像以及依怙、忿怒神等护法神塑像，梁柱和墙壁上还挂有许多狰狞的面具。强巴佛殿供奉强巴佛，十一面观音等塑像。宗喀巴殿供奉宗喀巴及该扎仓历代高僧塑像。妙音殿主供妙音铜像。吉扎仓第二层有2个佛殿，面容殿(协惹拉康)位于西侧，主供该扎仓保护神马头金刚的面容；观音殿(坚热赛拉康)位于东侧。第三层有一尊胜殿(朗杰拉康)，所供造像已不存。第四层中间为达赖来寺讲经时的卧室，两侧为扎仓堪布和其他管理人员的住房。吉扎仓所属康村、密村共有17个：哈东康村、知伙、达布、阿里、耶巴、洛巴、恰差、巴底、旦玛、切藏、究迪、切察、拉瓦、乃巴、桑罗、杰切、波娃。
麦扎仓 寺院早期建筑。永乐十七年由释迦也失创建。面积1600多平方米，共三层，第一层由经堂与4个佛殿组成。①经堂。主供释迦牟尼铜像，两侧有未来佛、无量佛、药师佛、妙音菩萨、宗喀巴师徒三人、七世达赖、第三代策默林活佛、帕邦喀活佛等铜像。②佛殿。位于经堂北侧，自西至东依次为护法神殿(特乌拉康)、罗汉殿、释迦牟尼殿、宗喀巴殿。其中护法神殿主供护法神“特乌”，另供奉六臂金刚、白依怙神、十三面牛头金刚、忿怒神等塑像。第二层有太阳神殿(尼玛拉康)、甘珠尔经殿(甘珠尔拉康)。甘珠尔拉康中原藏有108部金粉书写的《甘珠尔》佛经和其他经典，20世纪60年代散失，后从它处搬来千尊度母小铜像，排置佛橱中。第三层中间为达赖卧室，两侧为扎仓的卧室及办公场所。麦扎仓下有16个康村：雄巴、蚌波、甲绒、麦擦、工布、耶尔巴、大温、绒布、贡如、米娘、泰布、阿热、玛尔依、波窝等。
阿巴扎仓 寺内惟一的密宗扎仓。永乐十七年由释迦也失创建。初为色拉寺的大经堂，康熙四十九年改为扎仓。总面积1500平方米。主体建筑高三层，底层由经堂和佛殿组成。①经堂。主供释迦也失塑像，为经堂中最早的塑像。两侧供有格如坚赞桑布、赤庆丹巴让吉、杰尊曲吉坚赞、宗喀巴师徒三尊、十三世达赖等塑像。经堂四壁遍绘壁画，内容有释迦牟尼传记、六庄严、密集金刚、西方极乐世界等。②佛殿。罗汉殿(乃登拉康)位于经堂北侧，主供释迦牟尼、十八罗汉和四大天王、马头金刚、忿怒神等塑像。大威德殿(结吉拉康)位于罗汉殿的东侧，主供大威德塑像，大威德像两侧供有吉祥天女、六臂依怙神、四臂依怙神、多闻天王、白梵天王等塑像。第二层为僧房和无量光佛殿(温巴埋拉康)，殿中供无量光佛合金像、格如曲吉坚赞桑布包银灵塔、杰尊曲吉坚赞包银灵塔、拉藏汗出资修建的善逝塔。第三层为达赖卧室。
寺藏文物 色拉寺内藏有极为丰富珍贵的文物，其中有不少属于国家级重要文物，主要包括各种胎质的佛像、唐卡、壁画、佛经、法器和供器。其中，永乐八年在南京印制的《甘珠尔》大藏经，为第一部藏文印刷佛经版本，保存在措钦大殿内的观音殿，原为108函，现存105函，每函护以朱漆加金线图案的木夹板，附有永乐皇帝的御制经赞，藏经全文系藏文，在边框外附汉文篇目名。吉扎仓内藏有一副铜钹，钹上錾刻二龙戏珠图案，并有“大明宣德五年内加金银造”款识，为释迦也失在宣德九年朝见宣宗时所赐之物。另有一幅缂丝唐卡根据释迦也失的真容，用多种色彩的丝线编织而成，像的右上角织有楷体汉字“释迦也失”封号，全文“万行妙明真如上胜清净般若弘照普应辅国显教至善大慈法王西天正觉如来自在大圆通佛”，现保存完好。寺内还珍藏有明朝皇帝赐给的十八尊檀香木雕刻的罗汉像等。
辩经 春夏秋冬四时，色拉寺都有辩经和大辩经。每年元月二十六日至二月二十八日，举行一次属于月辩的定期月法会；三月八日至四月七日，举行一期“春季大法会”的月法会；四月十七日至五月一日，举行第一夏辩的十五定期法会；五月十七日至六月十五日，举行夏季辩经的月法会；七月十七日至七月二十九日，为第一期秋辩的十五定期法会；八月八日至九月七日，为第二期秋分辩经的月法会；九月十七日至十月十六日，为秋季大辩经的月法会。凡修习《波罗蜜多心经》的，则隔年自十月二日始，进行为时半个月的中观祭祀法事；十一月十七日至十二月十六日，为冬季大辩经的月法会，在该法会期间，切扎仓自十一月二十五日始至十二月九日止，举行十五天善行祀奉法事，麦扎仓自十一月二十五日至十二月十五日，进行二十一天弥勒祀奉法事。
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