《钦定藏内善后章程》 清廷为整顿和改革西藏地方事务的重要文献。藏文文本称为《新订章程二十九条》。
1788、1791年清军两次击退廓尔喀入侵后，因西藏地方各项制度松弛、弊病甚多、官吏贪污、政治腐败，于乾隆五十七年(1792)，大将军福康安与驻藏大臣会同西藏地方官员，在总结历代封建王朝进行民族立法经验的基础上，结合西藏社会的情况，共同议定条例29条。翌年，经乾隆皇帝审定后正式颁行。《钦定藏内善后章程》对驻藏大臣的职权以及官吏应遵守的制度、边界防御、对外交涉、财政贸易、活佛转世等方面，都分别做了详细规定，成为清王朝治理西藏的一个纲领性文件，也是一个全面、详尽的治藏章程。
内容 《钦定藏内善后章程》全部内容以立法形式对西藏的政治、经济、军事以及宗教等各个方面都做了详尽而明确的规定，其主要内容有：
①政治方面。《钦定藏内善后章程》规定，驻藏大臣监督办理西藏政务，其地位与达赖喇嘛、班禅平等，共同协商处理政务。噶伦以下僧俗官员及活佛，统受驻藏大臣管辖。地方官员的升迁和赏罚等事项必须呈报驻藏大臣批准。达赖、班禅的亲族一概不准干预政务。此外，对噶伦以下的僧俗官员品级、待遇均有一定的规定。
②财政贸易方面。西藏商上统归驻藏大臣稽核，以杜绝商上办事官员商卓特巴侵吞舞弊。规定了铸造银钱重量样式及与银两兑换比率。对噶伦、代本俸银及庄田使用做出规定。西藏税赋及差役也各有规定。
③宗教方面。达赖喇嘛、班禅及藏、康、青各地转世活佛均须由驻藏大臣监察掣定。达赖喇嘛所管理庙宇、喇嘛数量，噶伦所管理卫藏地方，各活佛所管人户均须造具清册，交驻藏大臣衙署存查。
④军事方面。西藏常备军分绿营及藏军两种。绿营军官有游击、千总、把总、外委等职，驻前后藏定日、江孜各处兵额646名，驻打箭炉至前藏一带粮台兵782名。藏兵3000名，驻前藏1000名，驻定日、江孜各500名，驻后藏1000名。驻藏大臣每年按期巡视边界，检阅兵丁。藏军粮饷由西藏地方政府交由驻藏大臣发放，军官由达赖与驻藏大臣选任，按技能、战功逐级升迁。
⑤对外交涉方面。有关西藏对外交涉事宜，统归驻藏大臣全权处理。邻国商旅和朝圣者入藏，须由驻藏大臣发给照票，并按规定日期、关卡入藏。廓尔喀、布鲁克巴、哲孟雄等藏外部落有事接洽，由驻藏大臣主持。其与达赖喇嘛、班禅通问布施书信，须先送请驻藏大臣查验，并代为酌定回书，方可发给。噶伦不得与外人私通书信。
历史意义 《钦定藏内善后章程》反映了清朝前、中期在西藏全面行使主权的实际情况，反映了当时朝廷改革西藏地方行政体制和制定行政法规的实际情况，是这一时期清朝中央政权在西藏逐步加强管理的历史经验的总结，也是这一时期改革西藏地方行政体制和制定行政法规的历史经验的总结。乾隆后，清廷基本上就是按照《钦定藏内善后章程》的规定，管理西藏民族、宗教、政治、经济、军事和外交等事务。《钦定藏内善后章程》的颁行具有重要的历史意义。
①强调驻藏大臣与达赖、班禅平等，加强清廷对地方的管理，维护祖国的统一。所有噶伦及以下官员、办事人员、活佛等，皆为属员，都要服从驻藏大臣的领导。
②利用达赖喇嘛和格鲁派的影响，安抚蒙藏人民，密切兄弟民族的关系。达赖喇嘛是西藏地方的政教领袖，各种政治力量对达赖喇嘛都倍加尊崇。清兵入关前，在用武力扩展势力的同时，也十分重视利用藏传佛教和达赖喇嘛的影响。清朝统治者需要利用佛教以加强对蒙古族的影响，借助佛教的影响降服漠北、漠西蒙古。清兵入关后，顺治帝即设法利用和扶持藏传佛教，稳定蒙藏地区，进一步推进统一全国的事业。
③建立常备兵制度，加强部队训练，保卫统一多民族的祖国边疆。清朝前期，西藏版图较大，但兵力不足，前后藏没有常备兵，藏军缺少训练，军械多属旧式，十分落后，战斗力弱。《钦定藏内善后章程》首先规定建立地方常备兵制度，前后藏部队均由中央派驻的军官统辖和训练。规定代本要上报皇帝批准任命，以加强中央政府对地方军队的领导。其次，规定地方官兵的编制、粮饷、装备等制度，加强管理和训练，保证藏军的战斗力，为巩固祖国大家庭的边防具有重要意义。
④改革藏币制与贸易、租赋办法，改革财经体制，促使西藏与全国统一。藏币制的改革，促进西藏币制与全国逐渐统一，所以西藏币制的建立，是中国货币史上的一件大事，具有重大的政治、经济意义。
⑤建立外事工作制度，处理边界重大事务，确保国家领土主权的完整。绵延中国西南的喜马拉雅山区自古以来就是藏族分布的边缘地区，早在吐蕃时期该地区与廓尔喀就有着极其亲密的交往。清朝前期，西藏同廓尔喀仍有密切的关系，两地人民一直有经济往来。由于历史存在这种密切关系，中国长期以来对西藏地方和喜马拉雅干线以外诸“山国”的交往，从未加以限制。但1788、1791年廓尔喀两次入侵西藏后，双方关系恶化。针对这种情况，《钦定藏内善后章程》对于涉外事务作了严格规定，以保证清政府在西藏行使主权。
《钦定藏内善后章程》作为清代西藏地方的一种行政法规，反映封建统治阶级的意志，代表封建统治阶级的利益，是封建主对广大农牧民实行专政的工具。另外，章程的一些规范保留了某些民族偏见，反映清朝实行的某些民族压迫政策。
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