朋曲是先成河，早在中更新世时，在长所、定结一带呈串珠状分布的湖盆，被沿东西向断裂线发育的朋曲连通后，又被卡达以东的东北向断裂切穿，使朋曲向南呈大角度的转折，流向印度洋。朋曲集水区内有5座海拔8000米以上高峰，珍稀野生动物52种。年均流量156立方米/秒，年径流量为49.2亿立方米。
流域 朋曲流域近似长方形，东西长约320千米，南北宽120千米左右，分为上、中、下游三段。
①上游。从源头至定日县协格尔。河长153千米，落差1180米，平均坡降7.7‰。多为高原宽谷，阶地发育，仅在昆非以下有卡堆、休莫峡谷。河流经休莫峡谷后进入古错盆地，河谷宽展，河漫滩宽达5千米，河道曲折多汊。在定日县附近先后有甲拉曲、铜曲、热曲、咯浦等支流相继汇入。
②中游。从定日县协格尔至白坝。河长126千米，落差200米，平均坡降1.6‰。河段内谷地宽阔，河床宽且浅，河流多曲流和分汊，河漫滩宽度2～3千米，水面宽度80～200米，阶地与洪积扇发育。中游段内风沙作用明显，有新月形沙丘、沙垄沙丘和半固定沙丘等风沙地貌。
③下游。从叶如藏布汇入口以下至河流出国境处。河长97千米，落差1945米，平均坡降20.1‰，是朋曲流域内坡降最大的河段。下游河段呈连续的“V”形峡谷，山高坡陡，水流湍急，流速3～4米/秒，水面宽度约40米，谷底宽为50～100米。
①上游。从源头至定日县协格尔。河长153千米，落差1180米，平均坡降7.7‰。多为高原宽谷，阶地发育，仅在昆非以下有卡堆、休莫峡谷。河流经休莫峡谷后进入古错盆地，河谷宽展，河漫滩宽达5千米，河道曲折多汊。在定日县附近先后有甲拉曲、铜曲、热曲、咯浦等支流相继汇入。
②中游。从定日县协格尔至白坝。河长126千米，落差200米，平均坡降1.6‰。河段内谷地宽阔，河床宽且浅，河流多曲流和分汊，河漫滩宽度2～3千米，水面宽度80～200米，阶地与洪积扇发育。中游段内风沙作用明显，有新月形沙丘、沙垄沙丘和半固定沙丘等风沙地貌。
③下游。从叶如藏布汇入口以下至河流出国境处。河长97千米，落差1945米，平均坡降20.1‰，是朋曲流域内坡降最大的河段。下游河段呈连续的“V”形峡谷，山高坡陡，水流湍急，流速3～4米/秒，水面宽度约40米，谷底宽为50～100米。
支流 朋曲流域面积超过500平方千米的支流有朗弄曲、朋九曲、甲拉曲、热曲、洛洛曲、叶如藏布、扎嘎曲等。其中叶如藏布为最大支流，河长198千米，流域面积8372平方千米，占朋曲总流域面积的33%，年径流量占朋曲总径流量的20%。
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